染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),
是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結(jié)合的技術(shù),
是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;
通過將測序獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,
從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。
用心服務(wù)每一個項目
較早開發(fā)動植物ChIP技術(shù)團(tuán)隊之一,
已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析,
助力客戶在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。
科學(xué)方案設(shè)計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數(shù)據(jù)分析;
每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
ChIP富集DNA | 總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp; |
細(xì)胞沉淀 | 組蛋白修飾1x10*7細(xì)胞;轉(zhuǎn)錄因子5x10*7細(xì)胞 |
動植物組織 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
ChIP-Seq | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)化分析 | 1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 | 去除低質(zhì)量數(shù)據(jù)及接頭序列 |
2、與參考基因組比對 | 測序reads 在基因組上的分布 | |
3、Peak峰Calling | 尋找組蛋白修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點 | |
4、Motif分析 | 尋找修飾或者結(jié)合序列的偏好性 | |
5、Peak圖譜分析 | Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布 | |
6、Peak相關(guān)基因注釋 | 尋找修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基因 | |
7、組間差異Peak分析 | 尋找差異修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域 | |
8、差異Peak基因分析 | 相關(guān)基因GO,KEGG富集分析 | |
高級分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如,與轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點挖掘 |
染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),
是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結(jié)合的技術(shù),
是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;
通過將測序獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,
從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。
用心服務(wù)每一個項目
較早開發(fā)動植物ChIP技術(shù)團(tuán)隊之一,
已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析,
助力客戶在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。
科學(xué)方案設(shè)計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數(shù)據(jù)分析;
每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
ChIP富集DNA | 總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp; |
細(xì)胞沉淀 | 組蛋白修飾1x10*7細(xì)胞;轉(zhuǎn)錄因子5x10*7細(xì)胞 |
動植物組織 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
ChIP-Seq | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)化分析 | 1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 | 去除低質(zhì)量數(shù)據(jù)及接頭序列 |
2、與參考基因組比對 | 測序reads 在基因組上的分布 | |
3、Peak峰Calling | 尋找組蛋白修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點 | |
4、Motif分析 | 尋找修飾或者結(jié)合序列的偏好性 | |
5、Peak圖譜分析 | Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布 | |
6、Peak相關(guān)基因注釋 | 尋找修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基因 | |
7、組間差異Peak分析 | 尋找差異修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域 | |
8、差異Peak基因分析 | 相關(guān)基因GO,KEGG富集分析 | |
高級分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如,與轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點挖掘 |
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