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深圳市艾斯基因科技有限公司
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張老師

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染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

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染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結(jié)合的技術(shù)
產(chǎn)品介紹

染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結(jié)合的技術(shù),

是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;

通過將測序獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,

從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

用心服務(wù)每一個項目

較早開發(fā)動植物ChIP技術(shù)團(tuán)隊之一,

已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析,

助力客戶在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。

科學(xué)方案設(shè)計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數(shù)據(jù)分析;

每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

ChIP富集DNA

總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp;

細(xì)胞沉淀

組蛋白修飾1x10*7細(xì)胞;轉(zhuǎn)錄因子5x10*7細(xì)胞

動植物組織

按照送樣要求準(zhǔn)備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

信息分析

ChIP-Seq

分析內(nèi)容

備注

標(biāo)準(zhǔn)化分析

1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估

去除低質(zhì)量數(shù)據(jù)及接頭序列

2、與參考基因組比對

測序reads 在基因組上的分布

3、Peak峰Calling

尋找組蛋白修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點

4、Motif分析

尋找修飾或者結(jié)合序列的偏好性

5、Peak圖譜分析

Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、Peak相關(guān)基因注釋

尋找修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基因

7、組間差異Peak分析

尋找差異修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域

8、差異Peak基因分析

相關(guān)基因GO,KEGG富集分析

高級分析

9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

例如,與轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析

10、其它定制化分析

結(jié)合課題背景亮點挖掘


染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)
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染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結(jié)合的技術(shù)
0755-28507994
產(chǎn)品介紹

染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結(jié)合的技術(shù),

是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;

通過將測序獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,

從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

用心服務(wù)每一個項目

較早開發(fā)動植物ChIP技術(shù)團(tuán)隊之一,

已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析,

助力客戶在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。

科學(xué)方案設(shè)計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數(shù)據(jù)分析;

每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

ChIP富集DNA

總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp;

細(xì)胞沉淀

組蛋白修飾1x10*7細(xì)胞;轉(zhuǎn)錄因子5x10*7細(xì)胞

動植物組織

按照送樣要求準(zhǔn)備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

信息分析

ChIP-Seq

分析內(nèi)容

備注

標(biāo)準(zhǔn)化分析

1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估

去除低質(zhì)量數(shù)據(jù)及接頭序列

2、與參考基因組比對

測序reads 在基因組上的分布

3、Peak峰Calling

尋找組蛋白修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點

4、Motif分析

尋找修飾或者結(jié)合序列的偏好性

5、Peak圖譜分析

Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、Peak相關(guān)基因注釋

尋找修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基因

7、組間差異Peak分析

尋找差異修飾或者轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域

8、差異Peak基因分析

相關(guān)基因GO,KEGG富集分析

高級分析

9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

例如,與轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析

10、其它定制化分析

結(jié)合課題背景亮點挖掘


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