背景介紹

16S rRNA是原核生物的核糖體中30S亞基的組成部分，長(zhǎng)度約為1542nt，具有高度的保守性和特異性。16S rRNA基因是細(xì)菌上編碼rRNA相對(duì)應(yīng)的DNA序列，存在于所有細(xì)菌的基因組中。16S rRNA基因包括保守區(qū)和可變區(qū)，保守區(qū)反映了物種間的親緣關(guān)系，而可變區(qū)則反映了物種間的差異。這兩個(gè)區(qū)域呈交替排列，保守區(qū)可用于設(shè)計(jì)通用引物進(jìn)行目的片段的擴(kuò)增，通過對(duì)高變區(qū)的分析可以辨別細(xì)菌種類。原核16S rRNA序列包含10個(gè)保守區(qū)和9個(gè)高變區(qū)。不同的高變區(qū)會(huì)對(duì)原核微生物群落結(jié)構(gòu)的分析結(jié)果產(chǎn)生明顯的影響。

技術(shù)特點(diǎn)

1.鑒定到“種”：菌群多樣性鑒定率先精細(xì)到“種”，分類更明確；

2.數(shù)據(jù)庫豐富：可鑒定 4414 個(gè)種，覆蓋 2106 個(gè)屬，可鑒定菌種持續(xù)更新中；

3.優(yōu)選可變區(qū)擴(kuò)增測(cè)序，測(cè)定序列更長(zhǎng)，菌落鑒定更準(zhǔn)確；

4.低成本：相比于傳統(tǒng)菌落鑒定，分析通量更高，檢測(cè)成本更低

技術(shù)流程

樣本類型

1.菌體，環(huán)境樣本，DNA 等；

2.建議總 DNA 起始量：>20ng(無宿主及其它雜質(zhì)污染)

分析流程和結(jié)果

1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控；

2.OTU 聚類分析；

3.Alpha 多樣性分析；

4.Beta 多樣性分析；

5.物種分析；

6.顯著性差異分析。