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張老師

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5hmC化學捕獲測序(5hmC Seal)

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羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用
產品介紹

羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

并且在較近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;

5hmC化學捕獲測序(5hmC-Seal)通過點擊化學、生物素標記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),

減少了基于亞硫酸鹽測序對DNA損傷,降低了DNA輸入量的要求,

滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測;

普遍用于: 1) 發育和疾病甲基化機制研究; 2) 復雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預后; 3) cfDNA羥甲基化檢測、液體活檢等臨床應用。

重點技術及質控,用心服務每一個項目

專注表觀組學10年,提供專業有價值的羥甲基化完整解決方案;

較早開發羥甲基化測序技術的團隊之一, 國內較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;

從樣本采集、cfDNA提取、建庫測序的完整cfDNA羥甲基化檢測方案;

低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫構建重點技術;

自動化樣本處理、建庫及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;

已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動物羥甲基化測序及分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血漿/血清/cfDNA

建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

細胞、全血、動物組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

數據分析

Seal-seq

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、與參考基因組比對

測序Reads 在基因組上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集區域鑒定

4、5hmC Peak圖譜分析

5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異5hmC Peak分析

尋找DhMR及注釋

7、差異5hmC Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

8、多組學整合關聯分析

例如與轉錄組關聯分析

9、其它定制化分析

結合課題背景亮點挖掘


5hmC化學捕獲測序(5hmC Seal)
5hmC化學捕獲測序(5hmC Seal)

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羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用
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羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

并且在較近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;

5hmC化學捕獲測序(5hmC-Seal)通過點擊化學、生物素標記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),

減少了基于亞硫酸鹽測序對DNA損傷,降低了DNA輸入量的要求,

滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測;

普遍用于: 1) 發育和疾病甲基化機制研究; 2) 復雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預后; 3) cfDNA羥甲基化檢測、液體活檢等臨床應用。

重點技術及質控,用心服務每一個項目

專注表觀組學10年,提供專業有價值的羥甲基化完整解決方案;

較早開發羥甲基化測序技術的團隊之一, 國內較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;

從樣本采集、cfDNA提取、建庫測序的完整cfDNA羥甲基化檢測方案;

低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫構建重點技術;

自動化樣本處理、建庫及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;

已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動物羥甲基化測序及分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血漿/血清/cfDNA

建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

細胞、全血、動物組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

數據分析

Seal-seq

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、與參考基因組比對

測序Reads 在基因組上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集區域鑒定

4、5hmC Peak圖譜分析

5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異5hmC Peak分析

尋找DhMR及注釋

7、差異5hmC Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

8、多組學整合關聯分析

例如與轉錄組關聯分析

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